Incapacidades Laborales: ¿Qué es el recobro de incapacidades en Colombia?

Santiago Barragán
16 jun
4 min de lectura

En Colombia, todos los trabajadores están expuestos a riesgos ocasionales que pueden afectar su salud y cada vez que un trabajador se ausenta por enfermedad, el reloj empieza a correr para el área de nómina, ya que hay que registrar la novedad, calcular correctamente el valor de la incapacidad, recopilar los soportes requeridos y radicar el recobro ante la EPS o la ARL. Por eso en Sinergy & Lowells le contamos en este artículo una manera óptima para gestionar las incapacidades.

¿Qué es una incapacidad laboral?

Una incapacidad laboral se entiende como la situación en la que un trabajador queda impedido, de forma física o mental, para desempeñar sus funciones habituales a causa de una enfermedad o lesión temporal. Estas incapacidades pueden clasificarse según su origen, ya sea común o laboral, además de contar con un régimen propio de reconocimiento y pago conforme a la legislación colombiana.

Tipos de Incapacidades: ¿Quién asume el pago?

Origen Común

Se consideran de origen común los accidentes o enfermedades que no guardan relación con la actividad laboral del trabajador. En estos casos, quién paga en primer lugar es el empleador, ya que asume los primeros dos días de incapacidad, los cuales se reconocen al 100% del IBC. Luego, la EPS debe pagar a partir del tercer día, el auxilio económico por incapacidad común, correspondiente al 66,67% del salario durante los primeros 90 días, a partir del día 91 y hasta el 180, este valor se reduce al 50%. Además, la incapacidad puede ser prorrogada y pagarse hasta por 540 días.

Laboral o Profesional

Enfermedad asociada a la actividad laboral o accidente sucedido en el trabajo. La incapacidad por accidente de trabajo o enfermedad laboral la paga la ARL desde el primer día, al 100 % del salario base.

Licencia Maternidad

Licencia de dieciocho (18) semanas. La EPS paga el equivalente al 100 % del salario. Si la EPS demora, el empleador debe asumir el pago y luego recobrar.

Licencia Paternidad: Licencia de dos (2) semanas. El padre tiene derecho a una licencia de paternidad remunerada de 2 semanas hábiles, pagada por la EPS al 100 % del salario, según la Ley 2114 de 2021.

Normativa legal vigente sobre incapacidades laborales en Colombia

La normativa legal sobre incapacidades laborales en Colombia para 2026 se basa en un marco jurídico que ha integrado reformas recientes, principalmente la Ley 2466 de 2025 y el Decreto 1427 de 2022. Este marco también regula el sistema de seguridad social, refuerza el cumplimiento de las obligaciones de empleadores y de las entidades promotoras de salud, incluidas las promotoras de salud EPS, y protege el reconocimiento de prestaciones asociadas.

¿Qué es el recobro de incapacidades laborales y por qué es importante para las empresas?

El recobro de incapacidades es el proceso mediante el cual los empleadores solicitan el reembolso del dinero que han pagado a sus empleados por haber estado incapacitado laboralmente a las entidades de seguridad social como las EPS o ARL, dependiendo del origen de la incapacidad, este es uno de los procedimientos más técnicos y exigentes de la gestión de nómina en Colombia.

¿Cómo funciona el proceso de Recobro de Incapacidad?

Todo comienza con el certificado de incapacidad expedido por el médico tratante, con información completa y legible, como los días de incapacidad, la fecha de inicio o la firma del profesional habilitado, en segundo lugar, identificar quien asume el pago, sea la EPS o la ARL. Se continúa con la liquidación del valor de la incapacidad, es decir, el valor a pagar y por consiguiente, el que será recobrado, este se calcula con el Ingreso Base de Cotización (IBC) no sobre el salario bruto del empleado.

A continuación se crean, recopilan y organizan los documentos soporte, no se puede solicitar papeles o información fuera de los siguientes:

Certificado de incapacidad original o copia autenticada.
Comprobante de pago de la incapacidad al trabajador.
Planilla PILA del período correspondiente que acredite el pago de aportes.
Formulario de solicitud de recobro diligenciado por el empleador.
Certificación del IBC del trabajador.

Por último se radica formalmente ante la EPS o la ARL la solicitud del recobro, este paso marca el inicio del conteo del plazo legal de respuesta: Según el Decreto 1427 de 2022, la EPS tiene 15 días hábiles para revisar, validar y liquidar la solicitud desde la fecha de radicación completa, y 5 días hábiles adicionales para realizar el pago por transferencia directa al empleador. Si la entidad incumple estos plazos, está obligada a pagar intereses moratorios a la tasa establecida por la DIAN.

Una vez radicada la solicitud, el empleador debe hacer seguimiento activo al estado del trámite. Si la EPS presenta una glosa, es decir, una objeción total o parcial al recobro, el empleador tiene derecho a responder aportando los soportes que desvirtúen la objeción, dentro del plazo que indique la entidad. Aprobado el recobro, la EPS realiza la transferencia directa al empleador. Está expresamente prohibido que la entidad descuente el valor de las incapacidades de la planilla PILA o lo cruce con otras obligaciones del empleador.

¿Cómo calcular correctamente el impacto y el valor a recobrar?

Cada incapacidad representa un desembolso inmediato que el empleador hace al trabajador, mientras espera que la EPS o la ARL le reembolse. Durante ese tiempo, la empresa está financiando con recursos propios una obligación que legalmente corresponde a una tercera entidad.

El error más frecuente en el recobro de incapacidades no ocurre en la radicación, ocurre antes, en el cálculo. Liquidar sobre el salario en lugar del IBC, aplicar el porcentaje equivocado según el período o no identificar correctamente los días a cargo de cada entidad son las causas principales de glosas y reembolsos menores a los que realmente corresponden.

Outsourcing de nómina

El equipo experto de Outsourcing de Nómina de Sinergy & Lowells gestiona el registro de incapacidades con precisión, calcula correctamente los valores a recobrar sobre el IBC vigente y prepara los reportes y soportes exigidos por las entidades de seguridad social como EPS, ARL o Fondos de Pensiones. Al asumir integralmente este proceso, el servicio de Outsourcing de Nómina sincroniza la liquidación, los pagos y los valores por recuperar con el área contable y de Recursos Humanos de la empresa, garantizando trazabilidad completa en cada etapa del trámite.

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